Bei den Microsoft Windows Instanzen von Amazon EC2 wird standardmäßig der Computername des Systems bei dem Starten und Stoppen dynamisch generiert. Anwendungen dessen Konfigurationen statisch auf diesen Wert referenzieren werden demnach Probleme machen. So beispielsweise auch die Terminalserver bzw. RemoteApp Software XenApp aus dem Hause Citrix. Nach dem Neustart der Instanz über die Amazon Management Console und der damit genannten Veränderung des Computernamens folgen Probleme mit der Lizenz (diese wird im mycitrix Bereich fest auf den Computernamen aktiviert, undzwar case sensitive) sowie mit der Citrix Farm.

Das Neusetzen des Hostnamens bei Reboots kann in dem Programm Ec2 Service Properties, welches sich bei Images von Amazon im Startmenü befindet, deaktiviert werden.